ภาคแรก (ปีที่หนึ่ง)

10 ปีหลังจากจบยูกิโอภาคแรกไป ยูกิ จูไดวัย 15 ปี ขณะที่เดินทางมารับการสอบเข้าดูเอล อคาเดเมีย เขาประสบปัญหารถไฟเสียกลางทาง จูไดเดินทางมาถึงเป็นคนสุดท้าย และเพราะว่าผู้เข้ารับการสอบคนอื่นๆ สอบเสร็จเรียบร้อยแล้ว จูได้จึงต้องสู้กับอาจารย์โคโรนอสแทน เขาสามารถชนะอาจารย์โคโรนอส แต่ด้วยเหตุที่ว่าคะแนนสอบทางวิชาการนั้นได้อันดับที่ 110 จูไดจึงต้องประจำอยู่ที่หอโอซิริสเรด ร่วมห้องกับมะรุฟุจิ โช และมะเอะดะ ฮะยะโตะ อย่างไรก็ตามจูไดก็ไม่ได้คิดมากถึงเรื่องดังกล่าว ยังคงใช้ชีวิตอย่างเรียบง่ายตามใจตนในรั้วโรงเรียนเรื่อยมา เมื่อจูไดชนะมันโจเมะและมีโอกาสที่จะยกระดับตนไปอยู่ในหอราเยลโล่

ภาคสอง (ปีที่2)

จูไดแพ้ในการต่อสู้กับเอ๊ด ฟีนิกซ์ ซึ่งทำให้เขาไม่สามารถมองเห็นภาพที่อยู่บนการ์ดได้ จึงออกจากเกาะไป แต่ด้วยเหตุที่ได้รับการ์ด E-HERO เนออส และเหล่าเนโอสเปเชียน เขาจึงสามารถกลับมาเป็นดั่งเดิมได้อีกครั้ง แล้วกลับมาที่เกาะแต่หลงวนไปมาที่เกาะเป็นเวลาหลายเดือน แต่ด้วยเหตุนี้เองที่ทำให้เขาต้องสู้กับเหล่าสมาคมแห่งแสง (光の結社, Society of Light) อย่างรุนแรงยิ่งขึ้น[1] จูไดยังต้องช่วยมันโจเมะและเทนโจอิน อาซึกะ ฯลฯ จากการล้างสมองของไซโอ ทาคุมะ พร้อมกับทำลาย "แสงแห่งความวิบัติ" (破滅の光, Light of Destruction) ที่อยู่ในตัวไซโอจนหมดสิ้น

ภาคสาม (ปีที่สามช่วงต้น)

จูไดเริ่มทวีความสำคัญมากขึ้นอย่างมากเมื่อถึงภาคนี้ เขาได้รู้จักกับโยฮัน แอนเดอร์เซนผู้ที่สามารถเห็นวิญญาณที่อยู่ในการ์ดเช่นเดียวกัน ในภาคนี้เขาต้องเผชิญกับการไล่ตามของวิญญาณยูเบลผู้หลงใหลในตัวเขาเป็นอย่างมาก และเป็นผู้ที่นำดูเอล อคาเดมีมาอีกมิติหนึ่ง หลังจากโยฮันได้อุทิศตนเองในการต่อสู้กับวิญญาณยูเบลเพื่อส่งดูเอล อคาเดมีและเพื่อนๆกลับไปโลกเดิม จูไดจึงรู้สึกว่าตนเองนั้นด้อยและไร้ค่า

และเพื่อที่จะช่วยโยฮันให้กลับมาสู่โลกปัจจุบัน จูไดและผองเพื่อนจึงเดินทางกลับไปอีกรอบ จูไดต้องทุกข์ทรมาณทั้งทางกายและจิตใจในการต่อสู้แบบเดธดูเอล (Death Duel) ที่มีกฎง่ายๆอยู่ว่าใครแพ้แล้วต้องหายไป พร้อมกัยแรงกดดันในการรับผิดชอบชีวิตของเพื่อนแต่ละคน จนในที่สุดเมื่อถึงตอนต่อสู้กับอสูรบรอน ด้วยเหตุที่รู้สึกผิดกับตนเองที่ว่าเป็นสาเหตุให้สูญเสียเพื่อนๆไป เขาจึงต้องแลกตัวเองเพื่อให้ฮะโอ (覇王, Supreme King) หรือบุคลิกภาพอีกแบบหนึ่งของเขาฟื้นขึ้นมา

เมื่อจูไดได้รับการปลดปล่อยออกมาจากฮะโอโดยจิม ครอกโคไดล์ คุก และออสติน โอไบรอัน เขาก็ได้กลับกลายเป็นคนที่ขี้ขลาด เพราะเมื่อทุกครั้งที่เห็นการ์ดรวมร่างเขาก็จะนึกถึงสภาพตนเมื่อตอนที่เป็นฮะโอที่ทำร้ายชีวิตของแต่ละคนอย่างโหดเหี้ยม แต่จูไดก็ได้ฟื้นฮะโอในตัวเขาขึ้นมาอีกครั้งในการต่อสู้ระหว่างเขากับยูเบลในครั้งที่ 2 จูไดตระหนักว่ายูเบลนั้นคือผู้อุทิศตัวเองเพื่อการปกป้องเขาในชาติก่อนเพื่อให้แสงแห่งการทำลายล้างในตัวมีความสมดุล จูไดจึงให้อภัยยูเบลและทำการรวมวิญญาณยูเบลและเขาเองเข้าด้วยกัน พร้อมกับส่งเพื่อนๆ และผู้ติดตามมาด้วยกลับสู่โลกปัจจุบันก่อน ก่อนที่เขาจะกลับมาพร้อมกลับดาวตกในภายหลัง ในขณะที่มะรุฟุจิ โชกำลังอธิษฐานให้เขากลับมา[2]

ภาคสี่ (ปีที่สามช่วงปลาย)

หลังจากได้รวมวิญญาณเข้ากับยูเบลแล้ว จูไดก็สามารถใช้พลังวิเศษเกี่ยวกับวิญญาณในการ์ดได้อย่างตามใจตน ในช่วงที่มีการมีการใช้พลังนี้ สีนัยน์ตาของเขาก็จะเปลี่ยนไปเป็นเหมือนกับตาของยูเบล ลักษณะของชุดนักเรียน ทรงผม ใบหน้า ต่างๆก็เปลี่ยนแปลงไปด้วยเช่นกัน แล้วเด็กนักเรียนทุกคนในหอเรดก็เลื่อนขั้นย้ายไปอยู่หออื่นหมด มีแต่จูไดที่เป็นคนเดียวที่ยังอยู่หอเรด

หลังจากเหตุการยูเบล จูไดก็เอาแต่เก็บตัวเงียบอยู่ในห้องเป็นเวลา 1 เดือน ด้วยเหตุที่รู้สึกว่ามีปัญหาใหม่เกิดขึ้นระหว่างโลกมนุษย์กับโลกวิญญาณ ซึ่งสาเหตุนั้นอาจจะมาจากตน จูไดจึงตัดสินใจที่จะลาออกจากโรงเรียน แต่เมื่อผ่านเหตุการณ์ของฟุจิวะระ ยูสึเกะ และโอเนสต์ไป จูไดจึงได้ร่วมงานกับผองเพื่อนอีกครั้ง

เพราะต้องเผชิญหน้ากับสิ่งโหดร้ายเป็นเวลานาน และตระหนักว่าชีวิตนั้นไม่ได้มีแต่เรื่องสนุกเพียงอย่างเดียว จูไดจึงได้ลืมความสุขและสนุกในการเล่นการ์ดในแต่ละครั้งไป จูไดได้รับการเตือนสติจากเทนโจอิน อะซึกะ, เคนซัน และซะโอะโตะเมะ เร ถึงเรื่องนี้ในขณะที่เขากำลังต่อสู้กันอยู่ ซึ่งทำให้เขากลับมายิ้มอีกครั้งหนึ่ง

พออาจารย์โครนอสไม่อยากให้นักเรียนที่เรียนจบจากไปถึงกับไม่ให้มีการเรียน จูไดจึงต้องมาดูเอลเพื่อเตือนสติจนโครนอสเข้าใจกลับมาสอนอีกครั้ง แต่จูไดต้องรักษาสัญญาคือต้องเรียนให้ครบ เพราะจูไดโดดเรียนมากที่สุด เพื่อจะได้จบทันทุกคน จะได้ไม่เป็นเหมือนฮายาโตะ

จูไดได้ร่วมกับการสอบจบการศึกษาของดูเอล อคาเดมี่ แต่ระหว่างนั้นได้ถูกโอไบรเอนเรียกตัวไปที่เมืองโดะมิโนะ ซึ่งเมื่อไปถึง โอไบรเอนได้ตกอยู่ในน้ำมือของดาร์กเนสแล้ว ประจวบกับต้องสู้กับไซโอโดยไม่มีทางเลี่ยง พร้อมกับได้รับอิทธิพลอำนาจมืด จูไดจึงต้องเสียเวลาต่อสู้กับโยฮันอีก แต่ด้วยความช่วยเหลือของโยฮัน จูไดจึงได้กลับสู่ปกติ แล้วเร่งกลับสู่ดูเอล อคาเดมี และเมื่อกลับไปถึง ตัวดาร์กเนสที่อยู่ในร่างของฟุจิวะระได้ปรากฏร่างที่แท้จริงออกมา จนในที่สุดดาร์กเนสก็ต้องประสบกับความปราชัย ความสงบสุขที่แท้จริงก็ได้กลับคืนมาในที่สุด

เมื่อสิ้นสุดงานปิดภาคเรียน ในขณะที่ทุกคนกำลังสนุกอยู่กับงานเลี้ยงอยู่นั้น จูไดได้ตัดสินใจที่จะออกจากโรงเรียนอย่างเงียบๆ แต่ฮะเนะคุริโบได้เรียกจูไดไปที่ห้องจัดแสดงการ์ดของ มุโต้ ยูกิ ณ ที่แห่งนั้นเขาได้พบกับ มุโต้ ยูกิ ซึ่งกล่าวว่าจะพาไปสถานที่ที่จะนำสิ่งที่จูไดได้สูญเสียไปในขณะที่จะเป็นผู้ใหญ่กลับคืนมา ด้วยการนำพาของยูกิ แสงสว่างวาบหนึ่งใด้นำจูไดไปสู่หมู่บ้านโดะมิโนะในอดีต เขาได้พบกับยูกิในอดีต ซึ่งเขาก็ได้ฝันว่าจะได้เล่นกับจูไดด้วยเช่นกัน ด้วยเหตุนี้เองดูเอลจบการศึกษาที่แท้จริงจึงเปิดฉากขึ้น ทั้งสองต่างเล่นกันอย่างดุเดือดและสนุกสนาน ซึ่งสิ่งนี้เองที่ทำให้จูไดได้กอบกู้สิ่งที่ตัวเองได้สูญเสียไป ซึ่งก็คือ "การหลงใหลในความสนุกสนานของการดูเอล" ช่วงเวลานี้เป็นช่วงเวลาที่สุดยอดที่สุดของจูไดเลยทีเดียว

หลังจากสิ้นสุดการดูเอลกับยูกิ จูไดพร้อมกับแมวชื่อฟาโรห์ และผีอาจารย์ไดโตะกุจิ ได้ออกเดินทางท่องเที่ยวทั่วโลก เพื่อใช้พลังที่ตนเองมีช่วยเหลือผู้ที่ต้องการมัน ถึงแม้ว่าจะไม่ได้กล่าวลาผองเพื่อน แต่พวกเขาก็ได้เขียนข้อความต่างๆ ให้แก่จูได